工藤新一是全国著名的高中生侦探,在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员()发现,击晕后喂了神奇的药()水,工藤新一变回了小孩!新一找到了经常帮助他的阿()笠博士,博士为他度身打造不少间谍武器。为了防()止犯罪团伙对他进行报复,新一决定隐姓埋名,暗中追查他们,希望能得到解药。一日,新一 的女友毛利()兰来到了()阿笠博士的家寻找男友的()下落,被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名()叫江户川柯南,随()后()柯南寄居()在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探,新一可以籍着和()他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生(),他们一起组织了一个少年侦探团,向罪犯宣战!