工藤新一是全国著名的高中生侦探(),在一次追查黑衣人犯罪团()伙时不幸被团伙成员发现,击晕后喂了神奇的药水,工藤新一变回了()小孩!新一找到了经常帮助他的阿笠()博士,博士为他()度身打()造不少间谍()武器。为了防()止犯罪团伙()对他进行报复,新一决定隐姓埋名,暗中追查他们,希望能得到解药。一日,新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落,被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南,随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探,新一可以籍着和他一起四出()办案一起追查黑夜人()的下落。柯南在小学认识步美等小()学生,他()们一起组织了一个少年侦探团,向罪犯宣战!